సుబ్రహ్మణ్య అయ్యర్ భారత స్వాతంత్ర ఉద్యమంలో చురుకుగా పాలుపంచుకున్నారు. 12 డిసెంబర్ 1885లో తేజ్ పాల్ సంస్కృత కళాశాల వద్ద నిర్వహించిన, భారత జాతీయ కాంగ్రెస్ ఏర్పాటుకు కారణమైన బొంబాయి కాన్ఫరెన్సులో పాల్గొన్న 72 మంది ప్రతినిధుల్లో ఆయన కూడా ఒకరు. భారత జాతీయ కాంగ్రెస్ రెండవ సమావేశాల్లో ప్రభుత్వ సర్వీసుల్లో భారతీయుల ప్రాతినిధ్యం గురించి నివేదించే కమిటీలో సుబ్రహ్మణ్య అయ్యర్ సభ్యునిగా ఎంపికయ్యారు. In the Madras session of 1887, Subramania Iyer was appointed member of the Committee which framed the constitution of the Indian National Congress మద్రాసు సమావేశాల్లో సుబ్రహ్మణ్య అయ్యర్ భారత జాతీయ కాంగ్రెస్ రాజ్యాంగాన్ని తయారుచేసే కమిటీలో సభ్యునిగా నియమితులయ్యారు. During the 1894 Madras session, he was selected as a part of the delegation which presented the case of Indian nationalists before the Secretary of State for India in London.He was met by Gandhi in Pachaiyappa's hall when Gandhi came to Madras for spreading the information on the status of Indians in South Africa, as per the guidance of Sir Pherozeshah mehta.Gandhi mentioned himself this event in his My Experiment with truth.In 1906, he was appointed member of the Standing Committee to promote the objectives of the Indian National Congress.
