హుస్సేన్ సాగర్ కాలుష్యాన్ని నివారించడానికి ప్రభుత్వం జపాన్ అంతర్జాతీయ సహకార బ్యాంకు వారి సహకారంతో ఒక పెద్ద ప్రాజెక్టు నిర్వహించాలని తలపెట్టింది. ఇందుకు 2006లో 310 కోట్ల రూపాయల ఖర్చుతో ఒప్పందం కుదుర్చుకొన్నారు<ref>http://www.thehinduhindu.com/2006/04/01/stories/2006040118871400.htm</ref>. 10 సంవత్సరాల పాటు నడిపే ఈ ప్రాజెక్టు కోసం జూలై 2006లో జపాన్ బ్యాంకువారు ప్రాధమిక సర్వే నిర్వహించారు కూడాను. కాని తరువాత వివిధ ప్రభుత్వ, నగర పాలిక సంస్థలు ఈ కార్యక్రమంలో తమ తమ బాధ్యతలను సరిగా నిర్వర్తించకపోవడం వల్ల పనులలో ప్రగతి చాలా మందకొడిగా ఉంది <ref>http://www.cyberabadtimes.net/archives/hussain-sagar--neglected.php</ref>. 2008 జనవరిలో మురుగు నీటిని శుభ్రపరచే ప్లాంటు కోసం టెండర్లు పిలవడం జరిగింది. 2010 నాటికి ఈ కర్మాగారం పని చేయడం మొదలు పెడుతుందనీ, అప్పటికల్లా చెరువు పూడిక తీయడం, బయటినుండి వచ్చే మురుగు నీరు దారి మళ్ళించడం వంటి కార్యక్రమాలు కూడా పూర్తి చేస్తామని ప్రభుత్వ వర్గాలు తెలిపాయి<ref>http://www.cyberabadtimes.net/archives/hussain-sagar-pollution-free-by-2010.php</ref>