[[దస్త్రం:Pranab_Mukherhee_escorts_Donald_H._Rumsfeld.jpg|కుడి|thumb|2004లో న్యూఢిల్లీలోని సౌత్ బ్లాక్ భవనంలో డిఫెన్స్ సెక్రటరీ డోనాల్డ్ హెచ్. రమ్స్‌ఫెల్డ్ వెంట ఉన్న ముఖర్జీ ]]2004 లో కాంగ్రెస్ ప్రభుత్వం అధికారంలోకి వచ్చిన తరువాత మన్మోహన్ సింగ్ ప్రభుత్వం ముఖర్జీని రక్షణ మత్రిగా నియమించింది. అతను 2006 వరకు ఈ శాఖా భాద్యతలను చేపట్టాడు. అతను తన పదవీకాలంలో యునైటెడ్ స్టేట్స్ తో సహకారాన్ని విస్తరించాడు. 2005 జూన్ లో ముఖర్జీ 10 సంవత్సరాల ఇండో-యుఎస్ డిఫెన్స్ ఫ్రేమ్ వర్క్ ఒప్పందంపై సంతకం చేసాడు. <ref name="TOI">{{cite news|url=http://articles.timesofindia.indiatimes.com/2011-09-06/india/30118195_1_logistics-support-agreement-communication-interoperability-geo-spatial-cooperation|title=US preferred Pranab Mukherjee over AK Antony as defence minister|date=6 September 2011|work=Times of India|accessdate=12 July 2012}}</ref> యునైటెడ్ స్టేట్స్ తో సహకారం పెరుగుతున్నప్పటికీ, రష్యా భారతదేశం యొక్క 'అగ్రశ్రేణి' రక్షణ భాగస్వామిగా ఉండేవిధంగా ముఖర్జీ సంబంధాలను కొనసాగించాడు.
[[దస్త్రం:Pranab_Mukherhee_escorts_Donald_H._Rumsfeld.jpg|కుడి|thumb|2004లో న్యూఢిల్లీలోని సౌత్ బ్లాక్ భవనంలో డిఫెన్స్ సెక్రటరీ డోనాల్డ్ హెచ్. రమ్స్‌ఫెల్డ్ వెంట ఉన్న ముఖర్జీ ]]
[[దస్త్రం:Rice-Mukherjee_sign_US-India_Civilian_Nuclear_Cooperation_Agreement.jpg|కుడి|thumb|ఇండియా-యునైటెడ్ స్టేట్స్ సివిల్ నూక్లియర్ ఒప్పందం సందర్భంగా సెక్రటరీ కోండొలీజ్జా రైస్ తో ప్రణబ్ ముఖర్జీ.]]
Dr. Manmohan Singh appointed Mukherjee as the [[Minister of Defence (India)|Minister of Defence]] of India when the Congress came to power in 2004. Mukherjee held the post until 2006. He expanded co-operation with the United States during his tenure. ''[[The Times of India]]'' reported on the [[Wikileaks cables]] release and noted how " [[United States]] is full of praise for the "uniformed leadership" of [[Indian armed forces]], especially [[Indian navy|Navy]], as well as ministers like Mukherjee." Mukherjee in June 2005 had inked the 10-year Indo-US Defence Framework deal.<ref name="TOI">{{cite news|url=http://articles.timesofindia.indiatimes.com/2011-09-06/india/30118195_1_logistics-support-agreement-communication-interoperability-geo-spatial-cooperation|title=US preferred Pranab Mukherjee over AK Antony as defence minister|date=6 September 2011|work=Times of India|accessdate=12 July 2012}}</ref>
అక్టోబర్ 2005 లో భారతదేశంతోని రాజస్థాన్‌లో మొదటి ఉమ్మడి వ్యతిరేక తీవ్రవాద యుద్ధ ఎత్తుగడలను రష్యా నిర్వహించింది. ఈ సమయంలో ముఖర్జీ మరియు రష్యా రక్షణ మంత్రి సెర్జెల్ ఇవనోవ్ లు ఒక భారీ మోర్టార్ వారి వేదిక నుండి కొన్ని మీటర్ల పడిన దూరంలో పడిన సంఘటనలో తృటిలో తప్పించుకున్నారు.<ref name="SW">{{cite web|url=http://www.spacewar.com/news/india-05zzs.html|title=Russia Hails Defence Cooperation With India|date=15 November 2005|accessdate=9 August 2012|publisher=Spacewar}}</ref>
Despite increasing co-operation with the United States, Mukherjee maintained that Russia will remain India's 'topmost' defence partner. He asserted that "Russia has been and will remain India's largest defence partner in the years to come" while inaugurating the 5th session of the Indo-Russian Inter-Governmental Commission on Military Technical Cooperation (IRIGC-MTC) in Moscow in 2005.<ref name="TOI2">{{cite news|url=http://articles.timesofindia.indiatimes.com/2005-11-15/rest-of-world/27861142_1_military-technical-cooperation-admiral-gorshkov-aircraft-carrier-defence-partner|title=Russia to remain India's topmost defence partner|date=15 November 2005|work=Times of India|accessdate=9 August 2012}}</ref>
Russia held the first joint anti-terror war games with India in [[Rajasthan]] in October 2005, during which Mukherjee and Russian Defence Minister Sergei Ivanov narrowly escaped injury after a heavy mortar landed several metres from their platform.<ref name="SW">{{cite web|url=http://www.spacewar.com/news/india-05zzs.html|title=Russia Hails Defence Cooperation With India|date=15 November 2005|accessdate=9 August 2012|publisher=Spacewar}}</ref> The Russian ministry subsequently declared its hopes to follow up joint military exercises in India with further joint exercises on Russian territory.<ref name="SW" />
